近期，Nature Index官方更新了全球学术研究机构的自然指数。在最近更新的2016.10.1-2017.9.30阶段的排行榜中，南京大学以WFC值269.16位列中国大陆高校第2名、全球高校第10名。大陆前十名高校依次为：北京大学、南京大学、清华大学、中国科学技术大学、中国科学院大学、浙江大学、复旦大学、南开大学、厦门大学、上海交通大学。
大陆高校自然指数Top10
全球高校自然指数Top20
其中在各细分领域，南京大学在化学、地球与环境科学领域位列大陆高校第1名，物理学领域位列大陆高校第4名，生命科学领域位列大陆高校第8名。
作为2014年新推出的一项科研评价指数，自然指数对于评价科研机构在国际高水平学术成果产出方面具有重要作用。2014年11月，自然出版集团首次以全新的“加权分值计数法”（WFC，weighted fractional count）指数方式发布了全球“自然指数”。
自然指数的分析是基于各科研机构在Nature系列、Science、Cell等68种自然科学类期刊上发表的研究型论文数量进行计算和统计，它追踪了约6万篇优质科研论文的作者单位信息，涵盖全球2万多家科研机构。68种来源期刊由全球在职科学家所组成的两个独立评选小组选出，分为化学、地球与环境科学、生命科学和物理学四类。
这68种期刊只占世界期刊总量的0.6%，但其引用量约占自然科学期刊总引用量的30%。发表在这些期刊上的论文，从一定程度上代表了全世界的高水平研究成果。