永乐十九年旧历四月的一天深夜，北京城突然风雨大作，夹杂着阵阵惊雷。新修成的奉天、华盖、谨身三大殿因雷击起火，化为灰烬。
朱棣心中顿时升起不祥之感。在科学尚不发达的古代，天人合一这一哲学命题，被强调到绝对的地步。地震、灾害、雷击等等自然现象，都被看成是执政者的失误而带来的。“上天示警”是一个严重的问题。它的严重性在于：第一，只有统治者出了问题，老天爷才会震怒。所谓“天怒人怨”，便是这个道理。第二，统治者并不知道自己的失误在哪里，这就需要有智慧的人站出来为其指点迷津。鉴于此，朱棣立刻下诏求言。也就是说，他希望朝野明智之士为他找出雷击三大殿的原因。
很快，礼部主事萧仪的奏本送到御前。这位六品官员(相当于今天的司局级)认为：三大殿遭受雷击是因为迁都的缘故。把国都从南京迁来北京，不但诸事不便，就连大明的皇脉也撂在江南。这是大不敬的事。
朱棣看过奏本，震怒异常，他认为萧仪把迁都与雷击三大殿联系起来，完全是蓄意诽谤。因此他几乎在第一时间内就作出了决定：命令锦衣卫将萧仪抓进北镇抚司大牢，不作任何审讯，就以“谤君之罪”处以极刑。
事情还没有完，萧仪的观点在官员中仍有不少市场。同情他的官员多半是科道言官。科指六科，道指十三道。六科是对应吏、户、礼、兵、刑、工六部成立的，是稽查六部的监察部门。六科编制是四十人，每科的负责人称为都给事中，正七品。余者都称为给事中，正八品。十三道是对应全国各省，当时全国只有十三个省。十三道御史统归都察院管辖，御史的官阶同给事中差不多。两个衙门类似于今天的监察部和审计署，级别却要低得多。比之于今天，科道言官的级别也仅仅是县处级而已。但科道言官的权力很大，在明代，位居二品的六部尚书遭言官弹劾而受到惩处的不胜枚举。
明代的官场，有两种经历的人升官比较容易。一是在翰林院呆过，二是当过科道言官。由翰林院而入内阁当辅臣，由言官而晋升为封疆大吏或方面重臣。
科道言官，一般都从年轻官员中选拔，这些人初涉仕途，尚不致沾染太多的官场恶习，担任言官敢于弹劾不法权贵，因此历代皇帝对言官颇为倚重。
但这次恰恰相反，对朱棣的迁都持异议的，多半是言官，而部院大臣都是坚定的迁都派。这是因为朱棣从侄儿建文帝手中夺取皇位后，对建文帝时的朝廷大臣作了一次彻底的清洗。经过二十余年的筛选过滤，现在的部院大臣，大部分都是“靖难功臣”，他们也都成为南方士族的仇人，因此利益上与朱棣是一致的。
言官们都很年轻，与朱棣的“靖难”无关，因此他们更多的是就事论事，认为皇上“轻去金陵，有伤国体”。朱棣对这些言官非常恼火，但不能像对待萧仪那样，一概杀之。他于是心血来潮想出一个办法，让这些科道言官与部院大臣一起到午门外跪下对辩。迁都究竟好不好，让双方各抒己见。
当其时，正是“清明时节雨纷纷”的时候，午门外的广场上，言官与大臣分跪两边，个个都淋得落汤鸡似的，但谁也不觉得尴尬，也不觉得侮辱。他们争论得面红耳赤，一天没有结果。朱棣让他们第二天再来午门下跪辩论。雨还在不紧不慢地下着，朱棣在城楼上不愠不火地看着。官员们冒雨下跪，不依不饶地争论着。这场景看起来有点滑稽，然而中国的中世纪的政治，便是在这种滑稽中有条不紊地进行着。
朱元璋于1368年创立大明王朝，虽然定都南京，但似乎从一开始，朱元璋就觉得南京不是很合适。因为它偏安江南，对控制辽阔的北方十分不利。洪武元年，朱元璋下了一个诏书，言道：“江左开基，立四海永清之本；中原图治，广一视同仁之心。其以金陵、大梁为南、北京。”大梁即今天的开封。朱元璋出于战略考虑，提出设南、北两个都城。还有一说就是袭汉唐的旧制，将长安(今西安)列为都城。朱元璋觉得自己年事已高，完成不了首都北迁的任务，便将希望寄托在懿文太子身上。谁知懿文太子早夭，定都关中的计划落空。方孝孺的《懿文皇太子挽诗》写道：“相宅图方献，还宫疾遽侵……关中诸父老，犹望翠华临。”讲的就是太子曾去西安做迁都前期筹备工作的事。
自秦开始，中国历朝的首都，大都建在北方。宋之前，长安、洛阳、开封都曾做过都城。其中以长安的时间最长。南方如金陵、杭州、扬州等处，亦曾做过都城。奇怪的是，在南方建都的王朝，大都短命。而都于北方者，大都国祚长久。这皆因在漫长的历史中，以农耕文化为主的汉文明，始终受到北方少数民族游牧文化的冲击。在冷兵器时代，汉人的温文尔雅怎抵挡得住“胡人”的铁马金戈。建都北方，主要是为了抵御异族的入侵。
朱元璋灭元之后，却没有将元大都也就是今天的北京直接定为首都，仍然选中金陵营造他的皇城。这大概是因为朱元璋出生淮右，而且骨子里头视“胡元”为异端，因此对元朝的都城从感情上厌恶。但是，从洪武二年起，他就对定都金陵产生了动摇。
朱元璋的迁都念头，虽然从没有打消过，但也从来没有真正实行过。为解决西北和东北的异族入侵，他不是采取迁都北方就近指挥防御的办法，而是改用“封王”制，即把自己的儿子分封到北方各边，担负起剿抚夷狄的任务。关于这件事，郑晓的《今言》有载：
国初都金陵。以西北胡戎之故，列镇分封，似乎过制……今考广宁辽王、大宁宁王、宣府谷王、大同代王、宁夏庆王、甘州肃王，皆得专制率师御虏。而长陵时在北平为燕王，尤英武。稍内则西安秦王、太原晋王，亦时时出兵，与诸藩镇将表里防守。
北方，包括东北和西北，都有虏患。朱元璋于此分封九个儿子，统兵御虏。天下的军权，多半都在自己的儿子们手上，所以，生性谨慎的郑晓也微讽“似乎过制”。这九位亲王，都曾经与虏敌交过手。但真正对稳定北方控制强虏起到决定性作用的，还是时为北平燕王的朱棣。