按传统，祖宗圣灵的神龛要设在二楼的中柱脚。苗族人民认为在吊脚楼里有祖先的圣灵日夜庇荫，阖家方能兴旺发达，人人皆可健康平安。楼的板壁用刨光的杉木板封装。每间的窗棂子用木条拼成形状不同的图案。各间的房门均为独扇，惟有堂屋大门为两扇。富裕人家还在大门上刻有龙凤浮雕。大门上方，两头安装有两个门当木雕，门当的另一头成牛角，俗称“打门锤”。大多数吊脚楼在二楼地基外架上悬空的走廊，作为进大门的通道。堂屋外的悬空走廊，安装有独特的s形曲栏靠椅，苗语叫“嘎息”(ghab xil),民间有一美称叫“美人靠”，这是因为姑娘们常在此挑花刺绣，向外展示风姿而得名。
其实“嘎息”还用作一家人劳累过后休闲小憩、纳凉观景、讲述传承苗族神话和迁徙历史，以及演唱《苗族古歌》、“嘎百福歌”的多功能凉台。吊脚楼一般以三间四立帖或三间两偏厦为基础，一般分为三层，底层都用作家畜和家禽的栏圈，以及用来搁置农具杂物等东西。
中层住人，正中间为堂屋，堂屋两侧的立帖要加柱，楼板加厚;因为这是家庭的主要活动空间，也是宴会宾客笙歌舞蹈的场所。有少数人家在正对大门的板壁上安放有祖宗圣灵的神龛。
神圣的家庭祭祖活动就在堂屋进行，一般情况下，左右侧房作为卧室和客房。三楼多用半存放粮食和种子，是一家人的仓库;如果人口多，也装隔出住人的卧室。厨房安置在偏厦里。建筑的空间分割组合，以祖宗圣灵神龛所在的房间为核心，再向外延伸辐射。家庭成员在这样的空间组合下生活，无形中便被祖宗圣灵所在的堂屋的空间引力所凝聚，从而为家庭的团结增强了亲和力。祖先崇拜的苗族传统宗教，在吊脚楼的民居建筑上被充分完美的体现出来了。
吊脚楼具有深刻的文化内涵。吊脚楼除了具有其本身的特点、形式外，还有其深刻的文化内涵，即空间宇宙观念。这在苗族吊脚楼正梁中央的普遍存在的那一神秘象征符号可见一斑。符号呈圆形，分内外两层，外圈为朱红或墨汁绘就，中心则用红色，如一“卵”形，整个符号形状十分古拙。
符号一般请具有一定巫术的“掌墨师”或土家巫师用凿在黄色圆心处凿一圆洞，新楼主人则要跪下用衣服将木渣全部接着，最后再在梁木两端分别写上“乾”、“坤”二字。这种神秘古拙的符号乃是宇宙起源的象征符号，它包含着土家人对天地开辟、人类发祥的古远追忆。
苗族吊脚楼不仅是处于宇宙自然的环抱之中，同时，宇宙也处于吊脚楼的环抱之中。这种容纳宇宙的空间观念在苗族仪式歌中表现得十分明显：“上一步，望宝梁，一轮太阳在中央，一元行始呈祥瑞。上二步喜洋洋，乾坤二字在两旁，日月成双享……”这里的“乾坤”“日月”代表着宇宙。
人们把它写在梁上，唱在口上，不仅是对天地日月的祭祀、祈福，写“乾坤”于梁上，而梁木又置于房屋中，房屋可以包含宇宙，容纳天地。从某种意义上说，苗族吊脚楼在其主观上与宇宙变得接近，更为亲密，使房屋、人与宇宙浑然一体。