由于中国大学的特殊性，不同层次之间的差别本身就很明显
国内的中国大学排行榜的作用从其诞生伊始就饱受怀疑，尤其是一些综合排名的公平性、权威性、科学性等更容易被怀疑。而在日前，中南大学教授蔡言厚在针对内地“985”高校大学的一项比较研究中指出，对这些学校，在政府定位和民间机构综合评价和单项指标排名中的评价中既有相合之处，也有一定的差别。体现出来的结果是各个学校都有各自独有的特性和优势，并不能全都放到一块进行单纯的比较。
“985”高校的比较研究
从“985”高校的历史来看，几乎在前六次国家重点高校、“211工程”高校等的名单中都能找到其踪影。总的来看，政府在第一时间7次确定的大学名单的并集是21所。在7批次全天候出现的大学有3所，即北京大学、清华大学、哈尔滨工业大学，这说明其在中央政府心目中的地位最为巩固。
蔡言厚发现，在对政府的认定和民间的评价进行比较时，围绕这些大学，实际上两者的评价存在着趋同的现象。即政府在历次确定第一批大学时，一般在15所左右摆动，而2007年的四大民间综合排行榜前10名的并集是15所，两者基本一致，只有少部分大学各异。政府的认定和民间的评价在总体上这样吻合，说明各个大学具有的竞争优势在一定的范围内被不同的评价主体、从不同的角度进行评估时所确认。
就此而言，蔡言厚认为并不能对“985”高校进行简单的排名，至少在第一、第三和第十名上会存在较大的争议。比如，北京大学和清华大学，谁是第一呢？
他的研究表明，总的来说，北京大学和清华大学在其列的4个表中，获得第一名的数目分别是14个和9个；而在政府第一批指定全国重点院校、确定“七五”“八五”重点建设和享受副部级待遇学校、遴选“211工程”和“985工程”大学时，政府下文的学校顺序中，北京大学都是排在清华大学之前，虽然在下达经费时总是并列。
此外，从民间排名来看，清华大学在四大榜单中占据优势。而从一些具体的指标的排名来看，两者各有优势。因此，蔡言厚认为，北京大学和清华大学应该并列第一，但各有特色，不可替代——北京大学是人文科学的北斗，清华大学是理工科学的泰山。
同样，在其他的一些“985”高校里也或多或少地存在这样的情况，即要么特色不同，不便比较；要么学术、科研、教学等侧重点存在较大差异，也不便于用同一个尺度来衡量。所以，在进行这些学校的排名研究时，即便是将政府的评价和民间评价综合起来衡量，对于第三、第十名究竟是谁，也很难有明确的答案。
排行榜要适应实际需求
据蔡言厚统计，自20世纪80年代中期，我国民间开展大学排行榜以来，在1987年至2007年间，国内共有20个左右的民间机构发布近400个有关中国大学的大学排行榜，其中大学综合排名近30个，单项论文排名140个以上，其余的是特色单项指标排名。
在这近400个有关中国大学的大学排行榜中，综合大学排行是最受质疑的。如在不同的榜单中，同一所大学的排名相差很大，不免让人质疑。
实际上，质疑综合排行榜局限性的一个焦点是：同一个标准或者指标体系能否用来衡量所有的大学。也就是说，不管标准怎样制定，大学之间的可比性是一个难以回避的问题。正如北大与清华一样，谁是第一本就不能用同一个标准来衡量得出结果。同时，对于中国的大学，由于其特殊性，不同层次之间的差别本身就很明显，如果忽略这种差别，也就相当于是将不同重量级别的拳击手放在同一层次比赛一样，更不具备可比性。
相对而言，一些单项排行榜、重点学科和博士学位优秀论文排名等比较受社会认可。而科学院院士、工程院院士、杰出青年基金获得者、青年科技奖获得者等的排名因其数据的权威性更容易被社会所接受。
在对排行榜的争论声里，反对者表示，中国的市场经济体制远没有成熟，大学与政府的关系、大学之间的关系远没有定型或趋于正常，大学仍有行政级别，公正、公平的竞争环境远没有形成，所以中国还不具备大学排名的内外条件。而赞成者则表示，有排行榜总比没有强，而且，事物都是在发展中逐步完善的，排行榜也一样。
那么，究竟大学排行榜应起到什么作用呢？就学生而言，一个非常重要的作用就是了解自己想要去的大学以及选择什么样的学科，而这种选择，不仅要根据大学、学科所处的地位，还要根据学生的能力所及的范围来确定。
所以，在中国的教育体制下，尤其是高考时，排行榜的参考意义显得异常重要。因而，排行榜是否科学权威，实际上关系着考生的切身利益。就大学来说，通过排行榜可以在一定程度上了解自身的优势与不足，从而相应地调整自身的办学战略与方向。