1661年，民族英雄郑成功从荷兰殖民者手中收回台湾，不久病逝，其子郑经继位，继续治理台湾，与大陆上的清王朝分庭抗礼。康熙帝多次招抚不成，便下决心武力解决台湾问题。1681年郑经突然病故，他的儿子郑克塽继任王位，台湾内部发生内讧，康熙帝决定起用施琅攻台。施琅原为郑成功的得意爱将，后来背郑降清。1663年，康熙帝曾命其出任福建水师提督，征讨台湾。他两次出海，均遇台风，无功而返。朝内一些大臣对他产生怀疑。但康熙帝力排众议，仍然对施琅委以军政全权。施琅于1683年取得海战大捷，台湾收归清朝。康熙设置台湾府，隶属福建省，派兵戍守。
台湾和祖国大陆统一是一件大事，施琅因此立了大功。康熙把台湾的归附看成是施琅为清朝“扫数十年不庭之巨寇，扩数千里未辟之遐封。”他在施琅封侯的“制诰”中称赞他“矢心报国，大展壮猷，筹划周详，布置允当，建兹伟伐，宜沛殊恩。”但从有关史实来看，在平台问题上，康熙帝对施琅的保护和支持显得非常重要，由此也展现了一代明君高瞻远瞩的战略眼光。
父亲被杀，施琅降清
施琅(1621―1696)，字尊侯，号琢公，福建晋江人，自幼生长在海边，少年时代从师学剑，武艺超群。清顺治三年(1646年)，施琅与其弟施显投奔郑成功，由于才干超群，没过多久施琅就成为郑成功最为得力的将领。
施琅青年时个性极强，常常与脾性相同的郑成功发生冲突。顺治八年(1651年)，施琅因反对郑氏“舍水就陆”的战略方针和强征百姓粮饷的做法，与郑氏产生了尖锐的分歧。次年四月，施琅捕杀了手下一名改投郑成功的清兵，郑成功便将施琅及其父施大宣、其弟施显投入牢中。施琅被捕后不久逃脱，藏在副将苏茂家中，并请人从中调停。但郑成功非但不接受调解，反而派人前去刺杀施琅。行刺失败后，郑成功一怒之下竟将施大宣和施显杀了，将施琅逼上了投清之路。
降清之后，施琅被授为同安副将，迁总兵。康熙元年(1662年)，施琅被任命为福建水师提督，1665年，封靖海将军。