蔡元培与鲁迅：“对于鲁迅先生始终是刮目相看
蔡元培与鲁迅的关系，正如郭沫若所说，蔡元培“对于鲁迅先生始终是刮目相看的”。“一直到鲁迅的病殁，蔡元培是尽了他没世不渝的友谊。
不理睬苏雪林的责难
1936年10月19日5时25分，鲁迅病逝于上海寓所。这天，宋庆龄特意来到中央研究院，告诉鲁迅去世的消息，并请蔡元培参加鲁迅治丧委员会。次日，蔡元培前往万国殡仪馆吊唁，并挽以一联：
著作最谨严，岂惟中国小说史遗言太沉痛，莫作空头文学家在万国公墓为鲁迅举行葬礼时，蔡元培亲为执绋，并致词说：“我们要使鲁迅先生的精神永远不死，必须担负起继续发扬他精神的责任来。”他还发表《记鲁迅先生轶事》，回忆起两人交往中几件影响深刻的往事。蔡元培最为称道的是鲁迅的人品风范。他说，鲁迅在教育部供职时，同事齐寿山“对他非常崇拜”。教育部免鲁迅职后，齐寿
山也因之而辞职于教育部，蔡元培说：“这是先生人格的影响。”
蔡元培如此高度评价鲁迅，如此认真处理鲁迅的后事，却引来苏雪林的非议，她在一封致蔡元培的公开信中，批评蔡元培不该主持鲁迅的葬仪，不该成立鲁迅纪念委员会，说蔡元培对鲁迅“如此为之表彰，岂欲国人皆以鲁迅矛盾人格，及其卑劣行为作模范乎？以先生之明，宁忍为此，殆以有所蔽焉尔。”她还警告说，蔡元培“今日为左派利用而表彰鲁迅……同情鲁迅，国人谁不惟先生马首是瞻，则青年心灵之毒化，反动势力之酝酿，有不可思议者。……此则愿先生之自重者也。”
蔡元培一生主张思想自由、兼容并包，而惟有这一次没有“兼容”苏雪林的观点，尽管苏雪林以公开信的方式向他责难，他还是采取了不屑一顾的轻蔑态度，根本没有理睬，依然投入纪念鲁迅的实际而具体的工作之中。
给《鲁迅全集》作序
1937年3月，《鲁迅全集》已经编定，接着下来的便是书稿的审定，而鲁迅书稿要想顺利通过当权者的审查，那还真是件困难的事，老友许寿裳很着急，立即给蔡元培去信求助。5月20日，蔡元培在致许寿裳的信中说：
“鲁迅先生遗著事，弟曾函商于中央宣传部邵力子部长，力子来谈，称：内政部已转来呈文，当催促部员提前检查，现尚未断言是否全部都无问题，万一有少数在不能不禁之列，止可于全集中剔除几部，俾不致累及全集云云。”
邵力子不负蔡元培的托付，亲自审查，很快便通过审查，予以出版印刷。次年3月22日，许广平来信，请求蔡元培为《鲁迅全集》作序。蔡元培欣然应允，可是，毕竟对鲁迅的文章缺乏了解，总是有着无从下笔的感觉。他是个认真、慎重的谦谦君子，决无贸然从事的习惯，于是，又给他与鲁迅的共同朋友许寿裳去信：
“弟曾得许广平夫人函，嘱作序，已允之，然尚未下笔，深愿先生以不可不说者及不可说者详示之，盖弟虽为佩服鲁迅先生之一人，然其著作读过甚少，即国际间著名之《阿Q正传》，亦仅读过几节而已。深恐随笔叹美，反与其真相不符也。”
他用了一个多月的时间，浏览了鲁迅的主要作品后，才为《鲁迅全集》写出了序，他在序文中说：“鲁迅先生的创作，除《坟》、《呐喊》、《野草》数种外，均成于1925年至1936年中，其文除小说、书信一种外，均为杂文与短评，以十二年光阴成此许多作品，他的感想之丰富，观察之深刻，意境之隽永，字句之正确，他人所苦思力索而不易得当的，他就很自然的写出来，这是何等天才！何等学力！”
他称赞道，鲁迅著作“方面较多，蹊径独辟，为后学开示无数法门，所以鄙人敢以新文学开山目之。”
再为征订全集做广告
1938年6月间，《鲁迅全集》二十卷本终于出版，他又为《鲁迅全集》纪念本题字。鲁迅纪念委员会为答谢他，让沈雁冰转赠一套《鲁迅全集》纪念本。可是，他早已按价付了一百元钱的订金，当许广平知道此事后，立即让鲁迅纪念委员会干事王纪元将钱退还，并说，赠送先生一套《全集》，为纪念委员会中所议决，望先生万勿推却。然而，他却坚持将钱交于纪念委员会，并复函说：“鄙人对于鲁迅先生身后，终不愿毫无物质之补助，请以此款改作赙敬”。
许广平接信后，只得遵从蔡元培的吩咐，收下一百元，以作“将来举行纪念事业时”用。
他和宋庆龄还以鲁迅纪念委员会主席和副主席的名义，发表《征订〈鲁迅全集〉精制纪念本启》，这则启事也是广告说：“鲁迅先生为一代文宗，毕生著述，承清季朴学之绪余，奠现代文坛之础石。”编印《鲁迅全集》的目的，“欲以唤醒国魂，砥砺士气，”现在《鲁迅全集》已印刷完毕，“除普通刊本廉价发行预约外，另印精制纪念本一种，以备各界人士定购，每部收价一百元。”许广平对蔡元培为鲁迅所做的一切极为感谢和崇敬，她撰文赞扬说：
“蔡先生对全集出版方面，曾再三赐予援助，计划久远，费去不少精神，且曾向商务印书馆设法订立契约。……至蔡先生文章道德，海内传颂，鲁迅先生一生深蒙提掖，此次更承为全集作序，知何宗尚，鲁迅先生有知，亦必含笑九泉，岂徒私人之感幸。”